Las islas son un área marina protegida y son administradas por la Fundación Hondureña para los Arrecifes de Coral. El arrecife de coral en este caso es parte del segundo arrecife de coral más grande del mundo, conocido como el Barrera de Coral mesoamericana. Hay una estación de investigación científica en Cayo Menor, la menor de las dos islas principales en el sistema
Establecido como un área clave del Sistema Arrecifal Mesoamericano, los Cayos y las aguas circundantes fueron declaradas reserva marina en 1994, con la ayuda de la Institución Smithsonian, con el fin de proteger a toda la flora y fauna marinas y terrestres en un área 460 km ² amenazadas por la contaminación, la pesca indiscriminada y el cambio climático.1 La reserva se extiende a ocho kilómetros en todas direcciones.2 Las leyes prohíben todo tipo de pesca comercial, redes y trampas dentro del parque marino. Desde 1994, la Institución Smithsonian, el World Wildlife Fund (WWF),la Fundación Hondureña para los Arrecifes de Coral, Operación Wallacea y otras organizaciones sin fines de lucro han ayudado a preservar la belleza natural de la zona.
El archipiélago es conocido por ser el escenario en el que se graba el reality de supervivencia Supervivientes: Perdidos en Honduras.
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